Dalam rangka meneruskan perjuangan yang telah dirintis Sunan Bejagung serta untuk mengenang jasa-jasa beliau, sejak awal tokoh-tokoh masyarakat bersama masyarakat desa Bejagung merawat dan melestarikan peninggalan Sunan Bejagung termasuk tradisi yang saat ini masih ada.

Disamping meneruskan dan mewarisi hal-hal secara fisik, juga diusahakan meneruskan dalam pembinaan mental spiritual masyarakat Bejagung pada khususnya dan masyarakat Islam pada umumnya, maka pada tahun 1998 didirikanlah sebuah Pondok Pesantren dengan nama Pondok Pesantren Sunan Bejagung yang didirikan dan  diasuh oleh DR. KH. Abd. Matin, SH, sebagai lembaga penerus perjuangan Kasunanan Bejagung dimasa Sunan Bejagung masih hidup.

Hal ini dilakukan masyarakat bersama tokoh-tokoh yang ada sebagai wujud rasa mengahargai hasil perjuangan Waliyullah Maulana Abdullah Asy’ari ( Sunan Bejagung ) serta usaha yang dilakukan sebagai upaya untuk melestarikan ajaran Islam kepada generasi muda, yang diharapakan mampu meneladani perjuangan para Wali, khususnya Sunan Bejagung.

Lokasi Pondok Pesantren saat ini berada di Bejagung selatan ( Bejagung Kidul ) yang dulunya lahan pardikan yang diberikan sang Adipati Aryo Dwikoro ( Aryo Tejo I ) sebagai daerah awal perjuangan Sunan Bejagung, yakni tempat dimana Kasunanan Bejagung didirikan sebagai pusat perkembangan ajaran islam dimasa beliau. Sampai sekarang masih tampak puing-puing petilasan berupa pondasi Masjid yang dahulu didirikan oleh Sunan Bejagung, Petilasan/bekas rumah beliau.

Meskipun Pondok ini ibarat penerus dari perjuangan masa lalu bukan berarti pondok Sunan Bejagung tidak relevan lagi dengan perkembangan zaman, tetapi selalu menata diri supaya Lembaga ini diterima di kalangan masyarakat modern sebagai wadah pendidikan yang benar-benar dibutuhkan. Sampai saat ini disamping kegiatan ngaji di Pondok Pesantren Sunan Bejagung, juga didirikan TKA, TPA,TQA, Madrasah Diniyah Ula, Madrasah Diniyah Wustho, MI, SMP Islam, MA dan SMK. Selanjutnya akan terus dikembangkan pada jenjang pendidikan yang lebih tinggi, mengikuti perkembangan jaman dan kebutuhan masyarakat akan pendidikan utamanya pendidikan Islam.